インボイス制度の登録をきっかけに免税事業者から課税事業者へ切り替えた事業者にとって、納税額を大きく抑えてきた「2割特例」が、2026年9月30日を含む課税期間で終了する。さらに翌10月1日からは、免税事業者からの仕入れに認められてきた80%の経過措置も70%へと縮小する。負担を左右する2つの変更が同じタイミングで重なるため、中小企業と個人事業主は、自社がどちらの影響を受けるのかを早めに整理しておきたい。本稿では制度の中身と、いま確認すべき点を実務目線でまとめる。
インボイスの「2026年問題」とは何か
2023年10月に始まったインボイス制度には、急な負担増をやわらげるための時限的な緩和措置がいくつも設けられていた。その一部が2026年9月末から10月にかけて期限を迎える。これがいわゆるインボイスの「2026年問題」だ。影響は大きく2つに分かれる。ひとつは、免税事業者から課税事業者になった側が使ってきた「2割特例」の終了。もうひとつは、免税事業者と取引を続ける側が受けられる「仕入税額控除の経過措置」の縮小である。立場によって効いてくる論点が違うため、まずは自社がどちらに当たるのかを押さえる必要がある。
2割特例とは何だったのか
2割特例は、インボイス制度をきっかけに免税事業者から課税事業者へ登録した事業者が、売上にかかる消費税額の2割だけを納めればよいとする計算方法だ。たとえば売上に対する消費税が50万円なら、納税額は10万円で済む。本来の計算より負担が軽く、仕入れを1件ずつ集計する必要もないため事務の手間も小さい。こうした使いやすさから、小規模事業者の多くがこの特例を利用してきた。その2割特例が、2026年9月30日までの日を含む課税期間をもって終了する。個人事業主の場合、課税期間は暦年（1月〜12月）なので、2026年分（令和8年分）の申告が2割特例を使える最後になる。
2割特例の終了で、納税額はどう変わるか
2割特例が使えなくなると、これまで課税転換した事業者は、本則課税か簡易課税のいずれかで消費税を計算することになる。どちらを選ぶかで、納税額も日々の事務負担も変わってくる。売上税額の2割で済んでいた事業者にとっては、単純に負担が増える方向の変更になり得る。だからこそ、期限が来てから慌てるのではなく、自社にとって有利な計算方法を先に見極めておきたい。
個人事業主には「3割特例」、ただし法人は対象外
負担増を一定期間やわらげる措置として、2026年度の税制改正で個人事業者向けの「3割特例」が設けられる。売上にかかる消費税額の3割を納税額とできる仕組みで、対象は基準期間の課税売上高が1,000万円以下の個人事業者、適用できるのは2027年分と2028年分の2年間とされている。ここで見落としやすいのが、3割特例は個人事業者だけが対象で、法人は使えないという点だ。法人として課税転換した小規模事業者は、2割特例の終了後すぐに本則課税か簡易課税へ移る前提で準備しておく必要がある。個人か法人かで取り得る選択肢が違うことは、早い段階で認識しておきたい。
本則課税と簡易課税、何を基準に選ぶか
簡易課税は、業種ごとに決められたみなし仕入率を使って納税額を計算する方法で、実際の仕入れを1件ずつ集計しなくてよいぶん事務が軽い。みなし仕入率は業種によって異なり、卸売業は90%、小売業は80%、製造業などは70%、飲食店を含むその他の事業は60%、サービス業などは50%といった具合に区分されている。仕入率が高い業種ほど、簡易課税での納税額は小さくなる傾向がある。一方、設備投資などで実際の仕入れが大きい年は、実額で計算する本則課税のほうが納税額を抑えられることもある。どちらが有利かは業種や年ごとの支出によって変わるため、一律には言えない。
また、簡易課税を選ぶには原則として、適用を受けたい課税期間が始まる前に届出を出しておく必要がある。「終了してから考えればいい」と後回しにすると、選びたかった計算方法をその年に使えない、というすれ違いが起こりやすい。切り替えを考えるなら、自社の業種のみなし仕入率と届出の期限を早めに確認しておきたい。判断に迷う場合は、顧問税理士に自社の直近の数字で本則課税・簡易課税それぞれを試算してもらうのが確実だ。
もう一つの変更——免税事業者からの仕入れ、80%控除が70%へ
2026年10月の変更は、課税転換した側だけの話ではない。免税事業者と取引を続けている課税事業者にも影響する。インボイス制度では、インボイスを発行できない免税事業者から仕入れた場合、原則として仕入税額控除ができない。ただし急な負担増を避けるため、経過措置として一定割合の控除が認められてきた。2023年10月から2026年9月末までは仕入税額相当額の80%を控除できたが、2026年度の税制改正による見直しで、2026年10月1日からは70%に下がる。その後も段階的に引き下げられ、最終的には経過措置による控除ができなくなる方向だ。
免税事業者への外注や仕入れが多い事業者ほど、この縮小はコスト増として効いてくる。控除できない分は自社の負担になるため、免税事業者との取引価格をどう扱うかという交渉の論点にもつながる。ただし、免税事業者であることを理由に一方的に値下げを求めたり取引を打ち切ったりする対応は、独占禁止法や下請法上の問題になり得る点には注意が必要だ。取引条件の見直しを検討するなら、取引の適正化をめぐる最近の動きもあわせて押さえておきたい。
中小企業・個人事業主が今すべきこと
制度が変わる前に、自社の立場を整理しておくと動きやすい。確認したいポイントは大きく3つある。
- 自社がどちらの影響を受けるかを確認する：インボイスを機に課税転換した事業者なら「2割特例の終了」、免税事業者と取引している課税事業者なら「経過措置の縮小」が主に効く。両方に当たるケースもある。
- 計算方法と届出の期限を確認する：2割特例の終了後に簡易課税を選ぶなら事前の届出が要る。個人事業主は3割特例を使えるかどうかを、基準期間の課税売上高で確認しておく。
- 資金繰りへの影響を見込む：納税額や仕入コストが増える分を、早めにキャッシュフローの見通しへ織り込んでおく。あわせて価格転嫁の検討が必要になる場面もある。
こうした確認には、取引先ごとの登録状況や、どの支払いが控除の対象になるのかを正しく拾えている状態が前提になる。請求書や証憑をフォルダ管理だけでさばいている場合、件数が増えると抜け漏れが起きやすい。自社の管理がどこまで耐えられるかを見直すきっかけとして、この改正を捉えてもよいだろう。
2026年10月の変更は、消費税率が上がるわけではないが、これまでの緩和措置が段階的に外れていく節目にあたる。慌てて何かを導入する話ではなく、まずは自社がどの影響を受けるのかを正確に把握し、納税額と資金繰りの見通しを立てておくことが先決だ。個別の判断に迷う点は、早めに顧問税理士や所轄の税務署へ確認しておきたい。
